Strukturalne podstawy biologii komórki - ebook

WYKAZ JEDNOSTEK

DŁUGOŚĆ (l)

1 m (metr, podstawowa jednostka długości)

1 dm (decymetr)

= 10–1 m

1 cm (centymetr)

= 10–2 m

1 mm (milimetr)

= 10–3 m

1 μm (mikrometr)

= 10–6 m

1 nm (nanometr)

= 10–9 m

1 Å (angstrem)

= 10–10 m

MASA (m)

1 kg (kilogram, podstawowa jednostka masy)

1 g (gram)

= 10–3 kg

1 mg (miligram)

= 10–3 g

1 μg (mikrogram)

= 10–6 g

1 ng (nanogram)

= 10–9 g

OBJĘTOŚĆ (v)

1 m³ (metr sześcienny, podstawowa jednostka objętości)

1 dm³ (decymetr sześcienny)

= 1 l (litr)

= 10–3 m³

1 ml (mililitr)

= 10–3 l

= 10–2 m³

= 1 cm³

1 μg (mikrolitr)

= 10–6 l

= 10–3 m³

= 1 mm³

1 ng (nanolitr)

= 10–9 l

= 10–9 m³

STĘŻENIE

--------------------- -----------------------------------------
1 M (molarne) = 1 mol/dm–3 = 6,02·10²³ cząsteczek/dm³
1 mM (milimolarne) = 10–3 M
1 μM (mikromolarne) = 10–6 M
1 nM (nanomolarne) = 10–9 M
--------------------- -----------------------------------------

CIŚNIENIE (p); w układzie SI jednostką ciśnienia jest paskal

--------------------- --------------------------------------------------------------------------------------
1 Pa = 1 N/m-2 = 1 kg/m·s² (N – niuton, siła działająca prostopadle na powierzchnię 1 m²)
1 hPa (hektopaskal) = 10² Pa
1 kPa (kilopaskal) = 10³ Pa
1 MPa (megapaskal) = 10⁶ Pa
--------------------- --------------------------------------------------------------------------------------

ATMOSFERA (atm) I MILIMETR SŁUPA RTĘCI (Hg)

Jednostki stosowane, ale nie należące do układu SI:

1 atm (atmosfera)

= 760 mm Hg

1 atm

= 101 325 Pa

= 1013 hPa

= 101,3 kPa

1 mm Hg

= 1/760 atm

1 mm Hg

= 133,322 Pa

= 1,333 hPa

= 0,1333 kPa

TEMPERATURA (T, t)

Stosuje się dwie skale: stustopniową Celsjusza (°C) i bezwzględną Kelvina (K)

0 K = –273,15°C

0°C = 273,15 K

CHEMICZNE JEDNOSTKI MASY

Względne wartości mas atomów i cząsteczek są wielkościami niemianowanymi, odniesione do 1/12 masy atomu izotopu węgla ¹²C. Umownie przyjętą jednostkę masy atomowej i cząsteczkowej oznacza się jako u lub j.m.a. (jednostka węglowa). Względna masa atomu lub cząsteczki wskazuje, ile razy jest ona większa od jednostki masy atomowej u.

u = 1,66·10–24 g

STAŁE I PRZELICZENIA

---------------------- ---------------------------------------------------------------
1 mol = 6,02·10²³ cząsteczek (jonów, atomów, elektronów)
1 cal (kaloria) = ciepło potrzebne do podwyższenia temperatury 1 g wody o 1°C
1 kcal (kilokaloria) = 10³ cal = 4,18 kJ (kilodżuli)
1 l (wody) = 1 kg wody (w temperaturze 4°C)
1 Da (dalton) = masa jednego atomu wodoru (~1,7·10–24 g)
1 kDa (kilodalton) = 103 Da
---------------------- ---------------------------------------------------------------

PODSTAWOWE AMINOKWASY

------------------- ----- ---
kwas asparaginowy Asp D
kwas glutaminowy Glu E
arginina Arg R
lizyna Lys K
histydyna His H
asparagina Asn N
glutamina Gln Q
seryna Ser S
treonina Thr T
tyrozyna Tyr Y
alanina Ala A
glicyna Gly G
walina Val V
leucyna Leu L
izoleucyna Ile I
prolina Pro P
fenyloalanina Phe F
metionina Met M
tryptofan Trp W
cysteina Cys C
------------------- ----- ---WYKAZ SKRÓTÓW

ABD – domena wiążąca aktynę (_ang._ actin-binding domain)

ACN1 – _ang._ acetate non-utilizing 1

ADAM – białko z domeną dezintegryn i metaloproteinaz (_ang._ a disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein)

ADF – czynnik depolimeryzujący filamenty aktynowe (_ang._ actin-depolymerizing factor)

AEE – wczesne endosomy apikalne (_ang._ apical early endosomes)

ALFY – białko FYVE związane z autofagią (_ang._ autophagy-linked FYVE protein)

AMPK – kinaza białkowa aktywowana 5'AMP (_ang._ 5'AMP-activated protein kinase)

AOC – centrum organizacji filamentów aktynowych (_ang._ actin organizing center)

AP – białko adaptorowe (_ang._ adaptor protein)

APAF-1 – czynnik aktywujący proteazy apoptotyczne (_ang._ apoptosis protease-activating factor 1)

APC – białko supresorowe nowotworu (_ang._ adenomatous polyposis coli tumor suppressor)

APC – kompleks sprzyjający anafazie (_ang._ anaphase promoting complex)

ARE – recyklizujące endosomy apikalne (_ang._ apical recycling endosomes)

ARF – czynnik rybozylacji ADP (_ang._ ADP-ribosylation factor)

ARP – białka stowarzyszone z aktyną (_ang._ actin related proteins)

ATF6 – czynnik aktywujący transkrypcję 6 (_ang._ activating transcription factor 6)

ATG – białka związane z autofagią (_ang._ autophagy-related proteins)

ATM – _ang._ ataxia telangiectasia mutated

ATP – adenozyno-5'-trójfosforan

ATR – _ang._ ataxia telangiectasia and Rad3-related protein

BAP31 – _ang._ B-cell receptor-associated protein 31

BBC – składnik wiążący Bcl-2 (_ang._ Bcl-2-binding component)

BCL-2 – białko komórek B chłoniaka 2 (_ang._ B-cell lymphoma 2)

BCL2L13 – _ang._ BCL2-like protein 13

BCL-xL – _ang._ B-cell lymphoma-extra large

BEE – endosomy wczesne bazolateralne (_ang._ basolateral early endosomes)

BH – motyw homologiczny BCL-2 (_ang._ BCL-2 homology)

BICD – białko adaptorowe dla dyneiny (_ang._ bicaudal-D)

BID – agonista oddziałujący z domeną śmierci BH3 (_ang._ BH3 interacting domain death agonist)

BSE – elektrony wstecznie rozproszone (_ang._ backscattered electrons)

CAB – białko wiążące wapń (_ang._ calcium binding protein)

CALCOCO2 – _ang._ calcium binding and coiled-coil domain 2

CAM – _ang._ crassulacean acid metabolism

cAMP – cykliczny adenozyno-3'5'-monofosforan

CAMSAP – białka zależne od kalmoduliny i spektryny (_ang._ calmodulin-regulated spectrin-associated protein)

CC – struktura zwiniętej cewki/splecionej spirali (_ang._ coiled-coil)

CCD – _ang._ charge-coupled device

CCDC – _ang._ coiled-coil containing domain proteins

CCG – geny kontrolowane przez zegar (_ang._ clock-controlled genes)

CCPG1 – gen postępu cyklu komórkowego 1 (_ang._ cell cycle progression gene 1)

CDE – składnik centromerowy DNA (_ang._ centromere DNA element)

Cdk – kinaza zależna od cyklin (_ang._ cyclin-dependent kinase)

CENP – białko centromerowe (_ang._ centromere protein)

CEP – białko centrosomowe (_ang._ centrosomal protein)

CEPT – fosfotransferaza cholinowa/etanolaminowa (_ang._ choline/ethanolamine phosphotransferase)

CERT – transporter ceramidu (_ang._ ceramide transporter)

CHIP – koniec C białka oddziałującego z HSC70 (_ang._ carboxyl-terminus of HSC70-interacting protein)

CHMP – białko wypełnionych ciał wielopęcherzykowych (_ang._ charged multivesicular body protein)

CHOP – homolog białka C/EBP (_ang._ CAAT/enhancer binding protein (C/EBP) homologous protein)

CHX – wymiennik wapniowo-protonowy (_ang._ Ca2+/H+ exchanger)

CIT-K – _ang._ citron kinase

CLASP – białka stowarzyszone z cytoplazmatycznymi białkami łączącymi CLIP (_ang._ CLIP-associated protein)

ClC – kanały chlorkowe (_ang._ Cl– channel)

CLIP – białka łączące chromatydy (_ang._ chromatid linking proteins)

CLIP – cytoplazmatyczne białka łączące (_ang._ cytoplasmic linker protein)

CMA – autofagia sterowana białkami opiekuńczymi (_ang._ chaperone-mediated autophagy)

CMOS – _ang._ complementary metal oxide semiconductor

COP – białka opłaszczające pęcherzyki (_ang._ coat proteins)

CPAP – białko P4.1 towarzyszące centrosomowi (_ang._ centrosomal P4.1-associated protein)

CPC – kompleks pasażera chromosomu (_ang._ chromosome passenger complex)

CPD – aparat Andersona do suszenia w punkcie krytycznym CO₂ (_ang._ critical point dryer)

CPX – kompleksyna (_ang._ complexin)

CRE – endosomy recyklizujące właściwe (_ang._ common recycling endosomes)

CREB3 – białko 3 wiążące element odpowiedzi na cAMP (_ang._ cAMP-responsive element-binding protein 3)

DAG – diacyloglicerol (_ang._ diacylglycerol)

DCX – białko związane z mikrotubulami (_ang._ doublecortin)

DCTN – dynaktyna (_ang._ dynactin)

Deptor – białko z domeną DEP oddziałujące z mTOR (_ang._ DEP domain-containing mTOR-interacting protein)

DFCP1 – białko zawierające podwójną domenę FYVE 1 (_ang._ double FYVE domain-containing protein 1)

DHC – ciężki łańcuch dyneiny (_ang._ dynein heavy chain)

DHPRs – receptory dwuhydropirydynowe (_ang._ dihydropiridine receptors)

DIC – pośredni łańcuch dyneiny (_ang._ dynein intermediate chain)

DISC – kompleks sygnalizacyjny indukujący śmierć (_ang._ death inducing signaling complex)

DLC – lekki łańcuch dyneiny (_ang._ dynein light chain)

DLIC – pośredni lekki łańcuch dyneiny (_ang._ dynein light intermediate chain)

DNA – kwas deoksyrybonukleinowy

DR – receptor śmierci (_ang._ death receptor)

DRP1 – białko pokrewne dynaminie 1 (_ang._ dynamin-related protein 1)

DUB – deubikwitynaza

EB – białka wiążące koniec mikrotubul (_ang._ end binding)

ECM – macierz zewnątrzkomórkowa (_ang._ extracellular matrix)

EF1A – czynnik elongacyjny 1 alfa (_ang._ elongation factor 1 alpha)

eIF2 – eukariotyczny czynnik inicjujący translację 2 (_ang._ eukaryotic initiation factor 2)

EM-CCD – _ang._ electron multiplying CCD

EOR – odpowiedź na przeładowanie siateczki śródplazmatycznej białkami (_ang._ ER-overload response)

ERAD – system degradacji białek związany z siateczką śródplazmatyczną (_ang._ endoplasmic reticulum associated degradation)

ERES – strefa „wyjścia” siateczki śródplazmatycznej (_ang._ endoplasmic reticulum exit site)

ERGIC – strefa ratunkowa/pośrednia między siateczką śródplazmatyczną i aparatem Golgiego (_ang._ ER-to-Golgi intermediate compartment)

ESCRT – endosomowy kompleks sortujący wymagany przy transporcie (_ang._ endosomal sorting complex required for transport)

ESEM – skaningowy mikroskop elektronowy środowiskowy (_ang._ environmental scanning electron microscope)

FAD – dwunukleotyd flawinoadenylowy

FADD – białko Fas związane z domeną śmierci (_ang._ Fas-associated protein with death domain)

FAP – białko związane z witką (_ang._ flagellar associated protein)

FEG – działo elektronowe z emisją polową (_ang._ field emission gun)

FFAT – motyw dwóch alanin (FF) w ciągu kwaśnych aminokwasów (_ang._ two phenylalanines (FF) in an acidic tract)

FHDC – białka zawierające domenę FH2 (_ang._ FH2 domain containing protein)

FIS1 – białko rozszczepiające 1 (_ang._ fission protein 1)

FIP200 – _ang._ focal adhesion kinase family kinase-interacting protein 200 kDa

FLIP – białko inhibitorowe FLICE (_ang._ FLICE-inhibitory protein)

FMN – mononukleotyd flawinowy

Fuc – fukoza

FUNDC1 – białko 1 zawierające domenę FUN14 (_ang._ FUN14 domain-containing protein 1)

G– – bakterie Gram-ujemne

G+ – bakterie Gram-dodatnie

GA – kwas glikolowy

GABARAP – białko związane z receptorem GABA (_ang._ GABA receptor-associated protein)

GADD153 – białko indukowane uszkodzeniami DNA i zatrzymaniem wzrostu 153 (_ang._ growth arrest and DNA damage inducible 153 protein)

GAG – glikozaminoglikany

Gal – galaktoza

GATE16 – _ang._ Golgi-associated ATPase enhancer of 16 kD

GalUA – kwas galakturonowy

GAP – białko aktywujące nukleotydy guaninowe (_ang._ guanine activating protein)

GCN2 – _ang._ general control non-derepresible 2

GDI – czynnik hamujący GDP (_ang._ GDP-inhibiting factor)

GEF – czynnik wymiany nukleotydów guaninowych (_ang._ guanine nucleotide exchange factor)

GFAP – kwaśne włókienkowe białko glejowe (_ang._ glial fibrillary acidic protein)

GFP – białko zielonej fluorescencji (_ang._ green fluorescent protein)

GL – kwas glicerynowy

GlcNAc – N-acetyloglukozamina

GLUT – transporter glukozy (_ang._ glucose transporter)

GM – białko-znacznik aparatu Golgiego (_ang._ Golgi marker)

GOLPH – fosfoproteina aparatu Golgiego (_ang._ Golgi phosphoprotein)

GOMED – degradacja związana z błonami aparatu Golgiego (_ang._ Golgi membrane-associated degradation)

GPAD – transferaza acylowa glicero-3-fosforanu (_ang._ glycerol-3-phosphate acyl transferase)

GP – glikoproteina

GPI – glikozylofosfatydyloinozytol (_ang._ glycosylphosphatidylinositol)

GPI-AP – białka wyposażone w kotwicę z glikozylofosfatydyloinozytolu (_ang._ GPI-anchor protein)

GPCR – receptory związane z białkami G (_ang._ G-protein coupled receptors)

GPX – peroksydaza glutationowa (_ang._ glutathione peroxidase)

GRASP – białka układające stosy cystern aparatu Golgiego (_ang._ Golgi reassambly and stacking proteins)

GRP – białko regulowane glukozą (_ang._ glucose-regulated protein)

GTP – guanozyno-5'-trójfosforan

GXA – kwas glioksalowy

HMM – meromiozyna ciężka (_ang._ heavy meromyosin)

hnRNA – heterogenny, jądrowy RNA (_ang._ heterogeneous nuclear RNA)

HPF – zamrażanie w wysokim ciśnieniu (_ang._ high pressure freezing)

HPLC – cieczowa chromatografia wysokociśnieniowa (_ang._ high-pressure liquid chromatography)

HRS – substrat kinazy tyrozynowej regulowany HGF (_ang._ HGF-regulated tyrosine kinase substrate)

HSC – białko pokrewne białkom szoku cieplnego (_ang._ heat shock cognate)

HSP – białko szoku cieplnego (_ang._ heat shock protein)

ICD – choroba komórek I (_ang._ inclusion cell disease)

IFAP – białka związane z filamentami pośrednimi (_ang._ intermediate filament-associated proteins)

Ig – immunoglobulina

IGC – klastry ziaren międzychromatynowych (_ang._ interchromatin granule clusters)

IGF-1 – insulinopodobny czynnik wzrostu 1 (_ang._ insulin-like growth factor 1)

INCNP – białko centromerowe wewnętrzne (_ang._ inner centromere protein)

IP3 – 1,4,5-trójfosforan inozytolu (_ang._ inositol 1,4,5-triphosphate)

IRE1 – enzym wymagający inozytolu 1 (_ang._ inositol requiring enzyme 1)

ITF – białko transportu wewnątrzwiciowego (_ang._ intraflagellar transport protein)

JIP – białko oddziałujące z JNK (_ang._ JNK-interacting protein)

JMY – białko regulujące i pośredniczące w połączeniach (_ang._ junction-mediating and -regulatory protein)

jSR – łącząca siateczka sarkoplazmatyczna (_ang._ junctional sarcoplasmic reticulum)

KHC – łańcuch ciężki kinezyny (_ang._ kinesin heavy chain)

KIF – białka z rodziny kinezyn (_ang._ kinesin family)

KLC – łańcuch lekki kinezyny (_ang._ kinesin light chain)

LAMP – białko związane z błoną lizosomu (_ang._ lysosome associated membrane protein)

LAP – białka związane z laminami (_ang._ lamina associated polypeptides)

LBPA – kwas lizobisfosfatydowy (_ang._ lysobisphosphatidic acid)

LBR – receptor laminy B (_ang._ lamin B receptor)

LC – łańcuch ciężki (_ang._ light chain)

LDL – lipoproteiny o małej gęstości (_ang._ low-density lipoprotein)

LGP – glikoproteiny lizosomowe (_ang._ lysosomal glycoproteins)

LHC – kompleks zbierający światło (_ang._ light harvesting complex)

LHCP – białko wiążące chlorofil a/b zbierający światło (_ang._ light harvesting chlorophyll a/b protein)

LIR – region oddziaływania z LC3 (_ang._ LC3-interacting region)

LIS – lizencefalia (_ang._ lissencephaly)

LMM – meromiozyna lekka (ang. light meromyosin)

LN₂ – ciekły azot (_ang._ liquid nitrogen, N₂)

LSCM – laserowy, skanujący mikroskop konfokalny (_ang._ laser scanning confocal microscope)

LSFM – mikroskop fluorescencyjny arkusza światła __ (_ang._ light sheet fluorescence microscopy)

LTK – leukocytarna kinaza tyrozynowa (_ang._ leukocyte tyrosine kinase)

LTPs – białka przenoszące lipidy (_ang._ lipid-transport proteins)

LV-SEM – skaningowa mikroskopia elektronowa niskiej próżni (_ang._ low-vacuum scanning electron microscopy)

M6P – mannozo-6-fosforan (_ang._ mannose-6-phosphate)

M6PR – receptor mannozo-6-fosforanu (_ang._ mannose-6-phosphate receptor)

MACF – czynnik wiążący mikrotubule z aktyną (_ang._ microtubule-actin crosslinking factor)

MAM – błony stowarzyszone z błonami mitochondrium (_ang._ mitochondria-associated membranes)

MAP – białka towarzyszące mikrotubulom (_ang._ microtubule-associated proteins)

MAPK – kinaza białkowa aktywowana mitogenem (_ang._ mitogen-activated protein kinase)

MAP1LC3 – białko 1 towarzyszące mikrotubulom z łańcuchem lekkim 3 (_ang._ microtubule-associated protein 1 light chain 3)

MAR – rejony kotwiczenia DNA do macierzy jądrowej (_ang._ matrix attachment regions)

MBP – białka wiążące MAR (_ang._ MAR binding proteins)

MCL-1 – _ang._ myeloid cell leukaemia-1

MCS – miejsca kontaktu błonowego (_ang._ membrane contact site)

MFP – białko wielofunkcyjne (_ang._ multifunctional protein)

MIP – białka wewnętrzne mikrotubul (_ang._ microtubule inner proteins)

MLKL – _ang._ mixed lineage kinase domain-like protein

mLST8 – _ang._ mammalian lethal with SEC13 protein 8

MLX – MAX podobne białko X (_ang._ MAX-like protein X)

MPF – czynnik inicjujący dojrzewanie (_ang._ maturation promoting factor)

MPP – peptydaza przetwarzająca macierz (_ang._ matrix processing peptidase)

mRNA – informacyjny, matrycowy (_ang._ messenger) kwas rybonukleinowy

MTC – wieloskładnikowy kompleks wiążący (_ang._ multisubunit tethering complex)

MTOC – centrum organizacji mikrotubul (_ang_. microtubule organizing center)

mTORC – _ang._ mechanistic target of rapamycin complex

MVB – ciała wielopęcherzykowe (_ang._ multivesicular bodies)

MyBP – białko wiążące miozynę (_ang._ myosin binding protein)

M6PR – receptor mannozo-6-fosforanu (_ang._ mannose-6-phosphate receptor)

NA – apertura numeryczna (_ang._ numerical aperture)

NAD – dwunukleotyd nikotynoamidoadeninowy

NAADP – fosforan dwunukleotydu adeninowego kwasu nikotynowego (_ang._ nicotinic acid adenine dinucleotide phosphate)

NANA – kwas N-acetyloneuraminowy (kwas sialowy)

NBR1 – sąsiad genu _BRCA1_ 1 (_ang._ neighbor of BRCA1 gene 1)

NCX – wymiennik sodowo-wapniowy (_ang._ Na+/Ca2+ exchanger)

N-DRC – neksynowo-dyneinowy kompleks regulacyjny (_ang._ nexin-dynein regulatory complex)

NDE – _ang._ nuclear distribution protein nudE-like

NES – sygnał eksportu jądrowego (_ang._ nuclear export signal)

NF – filamenty pośrednie komórek nerwowych, tzw. neurofilamenty (_ang._ neurofilament)

NHE – wymiennik sodowo-protonowy (_ang._ Na+/H+ exchanger)

NIR2 – _ang._ Pyk2 N-terminal domain-interacting receptor 2

NKCC – transporter sodowo-potasowo-chlorkowy (_ang._ Na-K-Cl cotransporter)

NLR – receptory NOD-podobne (_ang._ NOD-like receptors)

NLS – sygnał lokalizacji jądrowej (_ang._ nuclear localization signal)

NOR – rejon organizacji jąderka (_ang._ nucleolar organizing region)

NPC – choroba Niemanna-Picka typu C (_ang._ Niemann-Pick disease, type C)

NPF – czynnik inicjujący polimeryzację mikrotubul/mikrofilamentów (_ang._ nucleation-promoting factor)

NSF – czynnik wrażliwy na N-etylomaleimid (_ang._ N-ethylmaleimid sensitive factor)

nSR – siatkowata siateczka śródplazmatyczna (_ang._ network sarcoplasmic reticulum)

NUFIP1 – _ang._ nuclear fragile X mental retardation-interacting protein 1

OGA – enzym _O_-transferaza N-acetyloglukozaminy

ORF – otwarte ramki odczytu (_ang._ open reading frame)

ORI – początek replikacji (_ang._ origin of replication)

ORP – białka zbliżone do OSBP (_ang._ OSBP-related protein)

OSBP – białka wiążące oksysterole (_ang._ oxysterol binding protein)

OST – transferaza oligosacharydowa (_ang._ oligosaccharyl transferase)

3PGL – 3-fosforan gliceryny

PAFAH – _ang._ platelet-activating factor acetylhydrolase

PALM – _ang_. photoactivated localization microscopy

PARP-1 – polimeraza poli-ADP rybozy 1

PCD – programowana śmierć komórki (_ang._ programmed cell death)

PCM – materiał okołocentriolowy (_ang._ pericentriolar material)

PDGF – płytkopochodny czynnik wzrostu (_ang._ platelet-derived growth factor)

PDI – izomeraza dwusiarczkowa (_ang._ protein disulfide isomerase)

PDLSC – komórki macierzyste ozębnej (_ang._ periodontal ligament stem cells)

PERK – kinaza białkowa siateczki śródplazmatycznej aktywowana RNA

PEX – peroksyny (_ang._ peroxines)

PGA – kwas fosfoglikolowy

PH – domena białkowa homologiczna plekstrynie (_ang._ pleckstrin homology)

PI3K – kinaza 3-fosforanu fosfatydyloinozytolu (_ang._ phosphatidylinositol-3-phosphate kinase)

PI3P – 3-fosforan fosfatydyloinozytolu (_ang._ phosphatidylinositol-3-phosphate)

PI4P – 4-fosforan fosfatydyloinozytolu (_ang._ phosphatidylinositol-4-phosphate)

PI(3,4,5)P – trójfosforan 3,4,5-fosfatydyloinozytolu (_ang._ phosphatidylinositol-3,4,5-phosphate)

PIK3R4 – podjednostka regulatorowa 4 kinazy 3-fosforanu fosfatydyloinozytolu (_ang._ PI3K Regulatory Subunit 4)

PIS – syntaza fosfatydyloinozytolu (_ang._ phosphatidylinositol synthase)

PIT – białka przenoszące fosfatydyloinozytole (_ang._ phosphatidylinositol transfer protein)

PK – kinaza białkowa (_ang._ protein kinase)

PLK – kinaza białkowa polopodobna (_ang._ polo-like kinase)

PMCA – błonowa pompa wapniowa (_ang._ plasma membrane Ca2+ ATPase)

PML – ciałka jądrowe PML (_ang._ promyelocytic leukemia)

PMP – białka błonowe peroksysomów (_ang._ peroxisome membrane proteins)

PPB – pierścień preprofazowy (_ang._ preprophase band)

PPM – fosfatazy białkowe zależne od Mg2+/Mn2+ (_ang._ protein phosphatase Mg2+/Mn2+-dependent)

PRC1 – białkowy regulator cytokinezy 1 (_ang._ protein regulator of cytokinesis 1)

PS – fotosystem (_ang._ photosystem)

PSF – funkcja rozkładu intensywności fluorescencji (_ang._ point spread function)

PSGL-1 – ligand glikoproteinowy P-selektyny 1 (_ang._ P-selectin glycoprotein ligand 1)

PSS – syntaza fosfatydyloseryny (_ang._ phosphatidylserine synthase)

PTS – sekwencja kierująca białko do peroksysomów (_ang._ peroxisome targeting signal)

PUMA – modulator apoptozy regulowany białkiem p53 (_ang._ p53 upregulated modulator of apoptosis)

PXA – peroksysomowy transporter ABC (_ang._ peroxisomal ABC transporter)

R1,5BP – rybulozo-1,5-bisfosforan (_ang_. ribulose 1,5-bisphosphate)

Raptor – _ang._ regulatory-associated protein of mTOR

rDNA – rybosomowy DNA

RER – siateczka śródplazmatyczna ziarnista/szorstka (_ang._ rough endoplasmic reticulum)

RETREG – regulator retikulofagii (_ang._ reticulophagy regulator)

RHD – domena homologiczna retikulonowi (_ang._ reticulon homology domain)

RHOT – _ang._ mitochondrial Rho GTPase

RIDD – mechanizm opóźniania syntezy białek zależny od IRE (_ang._ regulated IRE-dependent decay)

RILP – białko lizosomowe oddziałujące z Rab (_ang._ Rab-interacting lysosomal protein)

RIPK – kinaza białkowa oddziałująca z receptorem (_ang._ receptor-interacting protein kinase)

RNA – kwas rybonukleinowy

RNF – rodzina białek z domeną palca RING (_ang_. RING finger protein family)

RNS – wolne rodniki azotowe (_ang._ reactive nitrogen species)

ROCK – kinaza białkowa z domeną zwiniętej spirali powiązana z białkiem Rho (_ang._ Rho-associated coiled-coil containing protein kinase)

ROS – wolne rodniki tlenowe (_ang._ reactive oxygen species)

rRNA – rybosomowy kwas rybonukleinowy

RSP – białka połączeń promienistych (_ang._ radial spoke proteins)

RSS – wolne rodniki siarkowe (_ang._ reactive sulfur species)

RSV – wirus sarkomy Rousa (_ang._ Rous sarcoma virus)

RTN3 – retikulon 3 (_ang._ reticulon 3)

RT-PCR – reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkrypcją (_ang._ reverse transcription polymerase chain reaction)

RyRs – receptory rianodinowe (_ang._ ryanodine receptors)

S1/2P – proteazy aparatu Golgiego (_ang._ site-1/2 protease)

SAS – białko formujące wrzeciono kariokinetyczne (_ang._ spindle assambly)

SBF-SEM – _ang._ serial block-face scanning electron microscopy

SDCM – mikroskop konfokalny z wirującym dyskiem (_ang._ spinning disc confocal microscope)

SDH – dehydrogenaza bursztynianowa (_ang._ succinate dehydrogenase)

SDS – siarczan dodecylu sodu

SE – elektrony wtórne (_ang._ secondary electrons)

SEM – skaningowy mikroskop elektronowy (_ang._ scanning electron microscope)

SER – siateczka śródplazmatyczna gładka (_ang._ smooth endoplasmic reticulum)

SERCA – pompa wapniowa zależna od ATP (_ang._ sarco/endoplasmic reticulum Ca2+-ATPase)

SH – homologiczna domena białkowa Src (_ang._ Src-homology)

SIDT – członek rodziny SID1 białek transbłonowych 2 (_ang._ SID1 transmembrane family member)

Sig1R – receptor Sigma-1 (_ang._ Sigma-1 receptor)

SIM – mikroskopia oświetlenia strukturalnego (_ang._ structured illumination microscopy)

SM – syntaza sfingomielinowa

SNAP – rozpuszczalne białko wiążące NSF (_ang._ soluble NSF attachment protein)

SNARE – rozpuszczalny receptor białkowy aktywujący czynnik wrażliwy na N-etylomaleimid (_ang._ soluble N-ethylmaleimid-sensitive factor-activating protein receptor)

snRNA – mały jądrowy RNA (_ang._ small nuclear RNA)

snRNP – małe jądrowe rybonukleoproteiny (_ang._ small nuclear ribonucleoproteins)

snoRNP – małe jąderkowe rybonukleoproteiny (_ang._ small nucleolar ribonucleoproteins)

SOD – dysmutaza ponadtlenkowa (_ang._ superoxide dismutase)

SPAG – antygen związany z nasieniem (_ang._ sperm associated antigene)

SPB – ciałka polarne wrzeciona podziałowego (_ang._ spindle pole bodies)

SPEF – białko wici nasienia (_ang._ sperm flagellar protein)

SR – siateczka sarkoplazmatyczna (_ang._ sarcoplasmic reticulum)

SREBP – białko wiążące się do sterolowego elementu regulatorowego (_ang._ sterol regulatory element binding protein)

SRP – cząsteczka rozpoznająca sekwencję sygnałową (_ang._ signal recognition particle)

SS – sekwencja sygnałowa

SSEM – _ang._ serial section scanning electron microscopy

STAM – cząsteczka adaptorowa przeniesienia sygnału (_ang._ signal transducing adaptor molecule)

STIL – _ang._ SCL-interrupting locus protein

STK – kinaza serynowo-treoninowa (_ang._ serine-threonine kinase)

STOP – peptyd hamujący rozpad mikrotubul (_ang._ stable tubule-only polypeptide)

STORM – mikroskopia stochastycznej rekonstrukcji optycznej (_ang_. stochastic optical reconstruction microscopy)

STX – syntaksyna (_ang._ syntaxin)

SUMO – mały, podobny ubikwitynie modyfikator (_ang._ small ubiquitin-like modifier)

SV40 – _ang._ simian virus 40

TEM – mikroskop elektronowy transmisyjny (_ang._ transmission electron microscope)

TFEB – czynnik transkrypcyjny EB (_ang._ transcription factor EB)

TGN – sieć _trans_ aparatu Golgiego (_ang._ trans Golgi network)

TIM – kompleks przenoszący błony wewnętrznej mitochondrium (_ang._ translocating inner membrane complex)

+TIP – białka końca (+) mikrotubul (_ang._ plus-end-tracking proteins)

TIRF – mikroskopia fluorescencyjna całkowitego wewnętrznego odbicia (_ang._ total internal reflection fluorescence microscopy)

TLR – receptory Toll-podobne (_ang._ Toll-like receptors)

TMD – transbłonowy odcinek hydrofobowy (_ang._ hydrophobic transmembrane domain)

TNF – czynnik martwicy nowotworu (_ang._ tumor necrosis factor)

TOM – kompleks przenoszący błony zewnętrznej mitochondrium (_ang._ translocating outer membrane complex)

TPC – kanały dwuporowe (_ang._ two-pore channels)

TRADD – domena śmierci związana z receptorem TNF (_ang._ TNFR1-associated death domain)

TRAK – białko wiążące kinezynę układu transportu komórkowego (_ang._ trafficking kinesin-binding protein)

TRE3 – czynnik transkrypcyjny E3 (_ang._ transcription factor E3)

TRF – czynnik regulujący teromerazę (_ang._ telomeraze regulating factor)

TRIM16 – _ang._ tripartite motif-containing protein 16

tRNA – transportujący kwas rybonukleinowy

TRPML – _ang._ transient receptor potential mucolipin

TS – system kanalików poprzecznych (_ang._ transverse system)

TSG – gen podatności na nowotworzenie (_ang._ tumor susceptibility gene)

γ-TuRC – kompleks startowy pierścienia gamma tubulinowego (_ang._ γ-tubulin ring complex)

UBAP – białko związane z ubikwityną (_ang._ ubiquitin-associated protein)

UCP – białka rozprzęgające (_ang._ uncoupling proteins)

ULF – jednostka długości filamentu pośredniego (protofibryl; _ang._ unit-length filament)

ULK1/2 – _ang._ unc-51 like autophagy activating kinase 1/2

UPR – system odpowiedzi na błędnie uformowane białka (_ang._ unfolded protein response)

UQ – ubichinon

USP30 – hydrolaza C-końca ubikwityny (_ang._ ubiquitin carboxy-terminal hydrolase 30)

UV – światło ultrafioletowe (_ang._ ultraviolet)

VAMP – białka związane z błoną pęcherzyków (_ang._ vesicle-associated membrane proteins)

VAP – białko towarzyszące VAMP (_ang._ VAMP-associated protein)

VASP – fosfoproteina stymulowana wazodylatatorami (_ang._ vasodilator-stimulated phosphoprotein)

V-ATPase – pęcherzykowa ATPaza protonowa (_ang._ vacuolar H+-ATPase)

VIP – integralne błonowe białko pęcherzyka (_ang._ vesicular integral membrane protein)

VPS – białko związane z sortowaniem białek wakuol (_ang._ vacuolar protein sorting-associated protein)

WASP – białko syndromu Wiskotta-Aldricha (_ang._ Wiskott-Aldrich syndrome protein)

WET-SEM – „wilgotna” skaningowa mikroskopia elektronowa (_ang._ wet scanning electron microscopy)

WIPI – białko oddziałujące domeną WP z fosfoinozytolem (_ang._ WP-repeat domain phosphoinositide interacting protein)

XBP1 – białko 1 wiążące sekwencje X-box (_ang._ X-box binding protein 1)

XIAP – inhibitor apoptozy powiązany z chromosomem X (_ang._ X-linked inhibitor of apoptosis)

ZnT – transporter cynkowy (_ang._ Zn transporter)WSTĘP

Dzisiejsza, bardzo rozległa wiedza na temat struktury i funkcji komórki jest wspólnym dziełem biochemików, genetyków, fizjologów i biologów molekularnych. Nie bez znaczenia są wyniki badań otrzymane we współpracy biologów z fizykami, chemikami oraz badaczami nauk materiałowych. Dlatego biologia komórki zamyka w jedną „komórkową całość” wszystkie dotychczasowe wyniki doświadczeń oraz ich interpretacje pochodzące z prac interdyscyplinarnych.

Książka _Strukturalne podstawy biologii komórki_ jest przeznaczona przede wszystkim dla studentów biologii, co nie oznacza, że nie mogą z niej korzystać studenci medycyny, weterynarii czy chemii. Mamy nadzieję, że książka będzie też źródłem informacji dla nauczycieli biologii w szkołach średnich oraz młodych nauczycieli akademickich, którzy prowadzą zajęcia dydaktyczne z biologii komórkowej.

Celem autorów było opisanie biologii komórek możliwie różnych typów, ze zwróceniem szczególnej uwagi na powiązania strukturalnej organizacji ich cytoplazmy i jądra komórkowego z procesami biegnącymi w obu przestrzeniach.

Książkę otwierają podstawowe informacje na temat technik badawczych, którymi posługuje się współczesny biolog komórki. Obszerniej opisane zostały techniki mikroskopowe, gdyż dzięki nim wiele strukturalnych elementów cytoplazmy i jądra mogło być zaobserwowanych i opisanych, statycznie i dynamicznie. Dalej znajdują się wiadomości uwypuklające różnice między komórkami prokariotycznymi i eukariotycznymi, na poziomie strukturalnym i funkcjonalnym. Tym samym Czytelnikowi będzie łatwiej przyswajać kolejne wiadomości zawarte w dalszej części książki, gdzie omawiana jest organizacja i czynności poszczególnych przedziałów cytoplazmatycznych – organelli, uwzględniając molekularne podłoże przebiegających tam procesów chemicznych.

Tekst książki oparty jest na literaturze źródłowej, która w głównej mierze jest mniej lub bardziej szczegółowym przeglądem ostatnich osiągnięć w strukturze i funkcji komórki. Czytelnik zainteresowany przedmiotem może sięgnąć do pozycji, które zostały umieszczone na końcu każdego rozdziału książki, choć wiele z nich jest literaturą anglojęzyczną.

Ważnym elementem książki są ilustracje, a szczególnie mikrofotografie elektronowe, obrazujące z dużą dokładnością topografię powierzchni komórek oraz ultrastrukturę ich wnętrza. Obszerny wybór kilkuset elektronogramów obejmuje niemal kompletny zestaw organelli komórkowych zwierzęcych, głównie kręgowców i najważniejsze struktury cytoplazmatyczne komórek roślinnych. Zdjęcia z mikroskopu świetlnego ilustrują charakterystyczne, ale podstawowe typy komórek oraz ich sposób organizowania się w tkanki. Zestaw fotografii i elektronogramów powinien przybliżyć Czytelnikowi opisywane w książce struktury oraz zapewnić dobrą orientację w złożonej i zróżnicowanej organizacji komórki. Temu samemu celowi mają służyć dość drobiazgowe i obszerne objaśnienia do mikrofotografii. Niestety, niektóre fotografie mikroskopowe i elektronogramy nie są opatrzone skalą, aby Czytelnik miał sposobność poznania rozmiarów niektórych struktur komórkowych. Nie jest to nasze celowe działanie. Wiele z nich, szczególnie elektronogramy, ma wartość historyczną. Powstały one we wczesnych latach 70. ubiegłego stulecia i ich skalowanie jest po prostu niemożliwe.

Schematy i ryciny ilustrujące tekst książki dzielą się na dwie grupy. Pierwsza grupa prezentuje niektóre struktury cytoplazmatyczne, np. rzęski lub wici, których schematyczne przedstawienie powstało dzięki rekonstrukcji wielu obrazów mikroskopowych, niejednokrotnie tomograficznych lub w formie seryjnych przekrojów. Owe obrazy dwuwymiarowe zostały zamieszczone na elektronogramach. Do drugiej grupy należą ryciny i schematy przebiegu procesów metabolicznych, jak np. oksydatywnej fosforylacji lub niecyklicznego transportu elektronów w czasie fotosyntezy. Schematy metaboliczne zostały przedstawione w dużym uproszczeniu, jednak z zachowaniem istotnych elementów ilustrowanego procesu.

Niemal wszystkie fotografie wykorzystane w książce pochodzą ze zbiorów profesora Wincentego Kilarskiego. Jedynie kilka zostało zamieszczonych za zgodą innych autorów i wydawców. Osobom tym, których nazwiska wymieniono w tekście objaśniającym fotografie, składamy tą drogą serdeczne podziękowanie. Miłym obowiązkiem autorów jest również wymienienie nazwisk osób współpracujących: z Zakładu Biologii i Obrazowania Komórki, Instytutu Zoologii i Badań Biomedycznych, Wydziału Biologii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Dzięki ich życzliwości i oddaniu w wyborze materiału fotograficznego ilustracje mogły powstać i być zamieszczone w książce. Do grona tych osób należą: mgr Jadwiga Faber, mgr Władysława Jankowska, mgr Maria Kozłowska, mgr Ewa Krzysztofowicz, mgr Bernadetta Bilska, dr Danuta Semik i dr Olga Woźnicka. Podziękowania należą się również studentom kierunku biologia Wydziału Biologii Uniwersytetu Jagiellońskiego, którzy w ramach kursu „Mikroskopia optyczna i obrazowanie w biologii” przygotowali preparaty mikroskopowe i uwiecznili cyfrowo wiele obrazów tkanek kręgowców. Wszelkie niedostatki tekstu obciążają wyłącznie autorów.